爱华网1. 方舟子的质疑是什么：
为什么一个新实验的结果别人都反映重复不出来，原因很多，比如可能是重
复出来的都不吭声，重复不出来的实验技术不行，论文中隐瞒了关键的“实验技
巧”（这不道德），或者论文报告的结果干脆就是编的（这更不道德）。一个新
的科学发现、技术，需要经过别人的重复才得到公认。别人重复不出来，有疑问，
是很正常的。作为首创者应该做的是去消除疑问，而不是攻击、谩骂，否则那更
让人怀疑。方舟子第一篇文章疑问的关键点在于不可重复，并没有说造假，这两者的差别是很大的，不可简单地混为一谈。论文里面经常会省略许多步骤，或者写错使用的pH值，使用的数据什么的，这是很常见的，并且确实属于不道德（也可能是作者觉得都是那样做的没必要写）。
2. 方舟子质疑的论据：
2.1 Figure 4a电泳条带位置有误：
论文图4a是对DNA进行了编辑后产生的不同片段进行电泳的结果。DNA是由一
个个核苷酸链接而成的，核苷酸越多，DNA片段就越大。经过剪切之后，图中的
G6和G13相差30个核苷酸。这个大小差别是不是能在电泳上看出来，取决于凝胶
的浓度和电泳的时间。看图4a中最左边的标识条带，250个核苷酸片段的和500个
核苷酸片段的距离分得很开，估算可知大约相差10个核苷酸以上的条带就能分开，
因此相差30个核苷酸的条带应该能够很明显地分开，但是在韩春雨出示的电泳图
中，G6和G13却在同一个位置，高低一样，看不出差了30个核苷酸，这就很不合
理。
这张图还有一个不合理的地方。DNA凝胶电泳的条带通常平整，但是由于电
压不稳定或缓冲液用得太久了不均匀，有时在条带的两端会出现拖尾滞后的现象。
这张图的标识一列和样品最下面的条带都出现了拖尾，然而样品第二行的条带却
出现了相反的“拖中”（两端跑得快、中间跑得慢），就像是最后一行往下跑，
第二行往上跑，真是奇怪。
要理解方舟子的质疑，首先要搞懂这个T7 endonuclease I切割实验的基本意义：
我自己也是经过查询理解后通俗地解释一下：
首先解读电泳图的基本就是黑色的DNA条带在胶中的位置指示了DNA的长度，越靠上DNA长度越长。这是基本原则。
对基因组产生切割的特点是在大量的基因组中的一部分基因组上产生双链断裂（DSB）,随后修复形成indel。可以简单地理解成原本都是一样的基因组现在产生了区别，假设他们是双链M1和W1，他们的两条链分别是F和R。然后通过PCR得到大量目标区域双链，M1F与M1R配对，W1F与W1R配对，此时他们都是分别与完全互补配对的链配对。再通过变性使他们分开，就得到了M1F-M1R W1F和W1R，M1F和W1R,M1R和W1F四种双链，那么前两种双链是完全互补配对的，而后两种双链则是出现了mismatch. 而根据T7E1的性质： 他会从mismatch处切割，因而会切割后两种双链而不切割前两种双链，从而使最后得到的双链成为三条长度不同的双链。对应到电泳图上，就是M1F与M1R， W1F和W1R这两条DNA长度接近，是最上面最黑的一条带。 而两个M1F和W1R, M1R和W1F分别对应下面的两条带。
自制一张图帮助理解：
最后切了之后到两边的长度不同，产生不同长度的DNA。最后切了之后到两边的长度不同，产生不同长度的DNA。
（这是CrispR中用T7E1实验的原理图，不过根据理解在T7E1的过程应该是一样的）（这是CrispR中用T7E1实验的原理图，不过根据理解在T7E1的过程应该是一样的）
又由于guide DNA引导切割位置，那么在同样的PCR产物下，G6和G13将有30个碱基长度的差距。又根据胶图可以看出500个碱基的marker之间的距离，虽然电泳不是线性，但是30个碱基大约是500的16分之一，可见应该是可以分清的，但是图中G6和G13中心位置并没有明显的差别。
注意到G13有些歪斜，可能是靠近电泳胶的周边有边缘效应，并且这个胶的点样量都是比较大的，成团，这些都可能影响判断，但是从我个人经验判断我觉得方舟子这条质疑是有道理的。
而跑胶的拖尾问题，我个人的经验觉得这个不太站得住脚。我们实验室的电泳胶是跑的非常多的，见过许许多多奇形怪状的带型，另外由于电泳试剂用量大，多数实验室普遍使用的都是相当廉价的硼酸 Tris碱等配置缓冲液，根据我个人的配置经验，抽滤能看到许多明显的灰尘，对这些廉价试剂的纯度都是没有信心的，这些也都可能有影响，都有点玄学的意思了。有空找一找跑的漂亮的胶和跑得丑出天际的胶贴一贴。这件事也很快有人给方舟子说明了，方舟子也登出来了
虽然说得是蛋白胶。估计方舟子自己也明白这条力度不大，所以也就是提了一下。
2.2 条带染色亮度
c和图一的实验是一样的，只是使用了不同的细胞系，根据我前面的说明，下面的两条带都是PCR扩增后切割形成，理论上摩尔量应该是一样的，但是DNA本身并不发光，需要使用染料如EB，花青类染料等进行染色。染色的效率会影响带的深浅浓度。
仅仅只看fig 4C的话，方舟子的质疑确实站不住脚，我个人经验是在看图接近100到200的长度的DNA的扩散并不是很严重，染色效率差距也并不是很大。但是和Fig 4b的第一道比的话就明显显得确实出现了比较大的差异，两条DNA的长度都比较接近但是在浓度上明显出现了较大的差异。
虽然方舟子的质疑都有道理，但是由于电泳胶的配置，染色，染完色后的脱色过程都有太多的随机因素，这些仍然需要进一步的证实，方舟子的措辞也是比较得当的，质疑的是”重复性问题“。
并推测figure 4造假嫌疑。
因此，从图4a和图4c的条带的位置和染色程度判断，这两个图不像是真实样
品的电泳图，有两种可能，要么是“真的假电泳”，是在Photoshop中PS拼接出
来的；要么是“假的真电泳”，用假样品跑出的电泳。而且造假者的分子生物学
水平很差，都不知道怎么造出一个合乎常理的电泳图。
在我发出《河北科大“韩春雨现象”的真相是什么？》之后，昨天有人宣称
已重复出了论文图4的结果，但要过一周再上传。即使真的有人重复出来了，也
无法解释上述电泳图的不合理之处。我在上篇文章中猜测，韩春雨只做出了图3
结果，做不出图4结果，就赌一把，编造图4结果，指望有别人能做出来。如果真
有人做出来了，不过说明他赌对了。其实发明权应该属于能重复出来的人，韩春
雨只是提供了一个“思路”。
3. 我的个人看法：
对于科研的分配制度确实存在着很大的问题，韩老师苦干十余载，终于有朝一日能看到希望，这值得庆幸，但是不意味着就可以忽视质疑的声音，有理有据的（容易被忽略的加粗）质疑是任何科研成果的试金石。
尤其对于这种技术类的发现，其重复性和可靠性的要求更是格外的高。
总结就是，我认为方舟子的质疑大部分都是成立的，但是由于科研实验影响因素过多，还并不足以完全证伪韩老师的论文，希望韩老师能如同方舟子的呼吁一样，尽快理清原始数据和详细步骤，给出重复结果，这才是真正的定音之时。
