爱华网从事生物信息学分析的学生和工作人员都会接触到二代测序数据，我们从测序公司拿到所需要的数据之后，首先最关心的问题就是测序数据的质量好不好，本文介绍一下如何对二代测序数据进行质量分析(QC)
二代测序数据分析：[1]quality control――工具/原料linux系统：ubuntu 或者 服务
fastqc
二代测序数据分析：[1]quality control――方法/步骤二代测序数据分析：[1]quality control 1、
安装fastqc
注意将fastqc加入到系统环境变量中，以便于在终端或命令行中直接运行
具体安装方法参考fastqc官方手册
二代测序数据分析：[1]quality control 2、
在命令行中直接运行命令
![二代测序数据分析流程 二代测序数据分析 [1]quality control](http://img.aihuau.com/images/b/03010603/0103030603014383280166.jpg)
fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file]
output dir指的是输出结果路径
extract参数指的是输出结果是否解压
-f 参数 是输入文件的格式，指的是测序数据
二代测序数据分析：[1]quality control 3、
运行fastqc：
fastqc seqfile1.fq seqfile2.fq
二代测序数据分析：[1]quality control 4、
输出结果：在output dir目录下的一个压缩文件(未压缩)
通常我们只需关注如下几个结果
1 每个位置的碱基测序质量。通常我们一般认为从第二个碱基开始，平均每个碱基的测序质量boxplot下四分位线在30分以上，则认为测序质量非常好
二代测序数据分析：[1]quality control 5、
2.每条序列的测序质量 一般认为90%的reads测序质量在35分以上，则认为该测序质量非常好
二代测序数据分析：[1]quality control 6、
3. ATCG碱基在各个位置上的分布 一般来说，AT含量高于CG含量，AT含量约28%，CG含量约22%。由于测序问题，通常第一二位置的碱基测序质量比较低，ATCG含量也不正常。这种情况不影响数据质量，如果实在介意，可在后续bowtie mapping的时候将前两个碱基去掉
二代测序数据分析：[1]quality control_二代测序
