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几乎所有种类的河豚都含河豚毒素（TTX），它是一种神经毒素，人食入豚毒0.5mg-3mg就能致死.毒素耐热，100℃8小时都不被破坏，120℃1小时才能破坏，盐腌、日晒亦均不能破坏毒素。毒素主要存在于河豚的性腺、肝脏、脾脏、眼睛、皮肤、血液等部位，卵巢和肝脏有剧毒，其次为肾脏、血液、眼睛、鳃和皮肤，精巢和肉多为弱毒或无毒。在熟制河豚时，一定要严格细心地除去河豚的内脏、眼睛，剔去鱼腮，剥去鱼皮，去净筋血，用清水反复洗净。河豚鱼肉质特别细嫩，味美，营养丰富。它的药用价值很高，从其肝脏、卵巢的毒素中，可提炼出河豚素、河豚酸、河豚巢素等名贵药材。
毒性变化
每年春季是河豚鱼的产卵季节，这时鱼的毒性最强，所以，春天是人食用河豚鱼中毒的高发季节。我国《水产品卫生管理办法》明确规定：“河豚鱼有剧毒，不得流入市场。捕获的有毒鱼类，如河豚鱼应拣出装箱，专门固定存放”，所以，河豚鱼还是不吃为好。仅有少数人是拼死吃河豚，但多数人是因不认识河豚鱼而不小心吃了引起中毒。
毒素所在部位
河豚毒素所在部分和季节上的变化河豚毒素所在部位为鱼体内脏。其包括：生殖腺、肝脏、肠胃等部位，其含毒量的大小，又因不同养殖环境及季节上变化而有差别，按长江河豚和人工养殖河豚的实例证明，各器官毒性比较如下：卵巢〉脾脏〉肝脏〉血筋〉眼睛〉鳃耙〉皮〉精巢〉肌肉。养殖河豚（２龄以上）其器官毒性比较与野生河豚一致，但含毒素量较低。生殖腺就是卵巢及精巢。卵巢含剧毒，为河豚含毒量最大的强毒部分之一。精巢是微毒或无毒；卵巢与精巢为长圆形，位于腹腔后部，肛门附近。二者在生殖时期，易于辨别，睾丸为乳白色，卵巢为浅黄色；横断切面，精巢呈白乳糜状，而卵巢则呈颗粒状；但秋后因生殖期已过，卵巢与精巢皆呈萎缩，二者间较难辨别。肝脏为一较大纵长的器官，位于腹腔的右侧，上接膨大的胃部，下部尖端达肛门附近，呈灰褐色，内侧具有一绿色的胆囊。肝脏为河豚剧毒部分，食河豚时宜特别注意在食前务必剖除干净，人工养殖的可以通过油煎后食用。皮肤和血液皮肤含毒量因河豚种类而异，河豚皮肤含毒量甚微或无毒。血液特别是两块所谓脊血块即脾脏含有剧毒。
肠胃胃部甚大，能吸入水或空气，使其膨大，胃之下为肠，肠在腹腔内作二回折即达肛门，胃和肠也有毒，但毒性比卵巢及肝脏小得多。
肌肉肌肉可视为无毒，所以只要挖去河豚的内脏，再剥去皮，洗得干净，是不会有毒的。但河豚死后较久，内脏的毒素溶在体液中，时间一久，可以渗入肌肉，不可不防。特别是制作鱼片（鱼生），用２％－５％碱液浸洗，更加安全。
河豚的卵巢和肝脏为河豚内脏中第二大剧毒脏器，其含毒量的多少，常随季节上的变化而有差异，每年２－５月为卵巢发育期，毒性较强，到6-7月后，产卵期已过，卵巢萎缩，毒性亦减弱。肝脏和卵巢相同，普遍亦为春季毒性较强。此外，不同种类，其含毒量也不一致，而且即使同一种，有时含毒也不一致，一般雌的比雄的毒性强。
我们曾做过暗纹东方豚的毒性研究，取３龄（2冬龄）性成熟暗纹东方豚的卵巢、肌肉、精巢、肝脏，对小鼠进行毒性试验。若按毒力1000鼠单位（即MV）即相当于有毒的河豚脏器1g能使小白鼠1kg致死来推算，卵巢、肌肉、精巢的毒力分别小于：6.6MV、4.5MV、8.1MV。 0.0005克河豚毒素足以使2斤重的小狗死亡，人食用后一旦中毒，毒性发作很快，且一般无法抢救。
河豚鱼浑身是宝，就是河豚毒素，在医疗临床上也具有广泛用途，可制成戒毒剂、麻醉剂、镇静剂等，还可用于癌症的介入治疗。
