1950年,贺衷寒出任台湾国民党交通部长。他上任后,首先设立交通干部讲习会,使交通工作人员接受专业训练;接着又制订了交通部所属各事业单位企业化的政策,要求资金向最有利的方向投资,劳力往最有效的地方调配。随后,按科学管理的要求,推出了职责契约制、资本责任制、劳动效率制、工作检核制、公共关系制、资历管理制等一整套企业经营管理的制度。在他任交通部长期间,还撰写有《交通管理要义》、《交通管理论丛》等著作。这一切,都在客观上为以后台湾交通事业的发展奠定了较好的基础。当然,贺衷寒所做的这一切,都是为蒋介石集团“反攻复国”服务的。正因为如此,他在主持交通部工作时,特别重视海洋船只的发展,除充实所谓“国营”航运及辅导民用航运外,并成立打捞公司,重建复兴航业公司,以备战时之用。
1954年,贺衷寒辞去交通部长之职,出任“总统府”国策顾问。1961年,任国民党中央设计考核委员会主任委员。1966年以后,任“行政院”政务委员、“国民大会”代表、国民党中央评议委员会委员等闲职。这时,“湖南人有小组织”、“贺衷寒想搞分裂运动”等流言,逐渐在台湾上层人物中传播。贺衷寒本人亦有所闻。有人劝他晋见蒋介石,表明心迹。贺衷寒闻言,久久不说一句活,继而自我表白说:“我贺衷寒前额有字,我是三民主义的信徒,我是中国国民党的党员,我是领袖的学生。搞一个运动,必定有言论、有行动。我贺某未离开台湾一步,从未写过一篇违背中央决策的文章与言论,运动从何而来?……”忧郁伤感之情溢于言表,好在他是经历过大风大浪的,表面上尚能泰然处之。于是,他便于1971年辞去其他一切职务,仅留一个国策顾问。
贺衷寒的晚年,除偶尔出席几次会议外,平日在家,或读书看报,或练字作诗,直至1972年去世。