爱华网感谢 和 提出的疑义，以及 的回答，确实，仙剑一因为开发的比较早，设定上所处的朝代有点自相矛盾，有唐代与北宋熙宁年间两个说法。
但是两个版本都不影响“为什么要到苏州”这个问题，简单来说李逍遥他们其实要去的地方是扬州，因为扬州是当时的交通枢纽，而到达扬州必要经过苏州，“这个道理和我们80、90年代铁路不发达的时候，东西、南北通行基本都要到北京转车——因为京城的永远是交通的枢纽。”—— 感谢 的总结。
对于论证这个结论，我找到了仙剑一人物对白（），感谢 提供来源。
在找方老板搭船时，李逍遥说要出远门，方老板经商多年，李逍遥自然知道他走的是南北水道才要搭船，这表示李逍遥是要沿着运河往北走的；方老板说他的船只到苏州的时候，李逍遥说“也行”。这一点说明他起初是想要到更远的地方，那个地方必然是扬州。
-----------以下是原答案----------
这个问题要从以下四点分析：
Ⅰ. 蓝照国对应的年代是什么时代？
《仙剑奇侠传》游戏中写为南诏国，电视剧版改为蓝照国，历史存在是南诏（738-902），政权存在时间应当为汉族的唐代。
唐初洱海地区部落林立不相役属，其中有六个较大的部落，称为六诏。分别是：越析诏、施浪诏、浪穹诏、蒙舍诏等。蒙舍诏在诸诏之南，称为“南诏”。在唐王朝的支持下，南诏先后征服了西洱河地区诸部，灭了其他五诏，统一了洱海地区。
所以，《仙一》的历史大环境应该是唐代。但是有一点矛盾在于，唐武德年间（高祖李渊）余杭就已经被废除，改为杭州。不过这也许是游戏开发者的失误，不做参考。
补充一下，游戏里扬州城太守审判飞贼的时候也说了，按照“按照我大唐律法”，这也看出是唐代。
Ⅱ.唐代出行主要的交通方式是什么？
唐代出行的主要交通工具是车、马、船，当然还有步行。
但是，根据《新唐书 车服志（）》中记载，普通百姓是不能乘车的，能有资格乘车的百姓阶层只有年老妇人，普通人连骑马也有限定：
未有官者，服粗葛布、官施，绿铜铁带，乘蜀马、铁镫。行官服紫粗布、施，蓝铁带。中官不衣纱縠绫罗，诸司小儿不服大巾，商贾、庶人、僧、道士不乘马。
所以，两位主人公要想去千里之外的云南，必然不会选择步行，只能选择适合乘船、做车、骑马的路线。
Ⅲ.唐代长江以南的交通情况是怎样的？
众所周知，中国经济重心的南迁是在南宋开始的，在宋代之前，很多地方几近蛮荒之地，路途险恶。隋炀帝的一项巨大功绩就是修建京杭大运河，其目的除了方便沟通南北，南粮北运外，更主要的也是为了开发南方，带动南方的经济。
当时的苏州盛产稻米，加上历史因素，人口聚集，是一座大城市。而位于京杭大运河的起点的杭州当时还是个中等的城市（杭州兴盛在于宋代）。再往南，陆路交通不便，水路不畅，人烟稀少。
这里有一张唐代的地图，根据城镇的稠密程度可以知道当时的道路情况：
古代出行主要是以陆路为主，陆路则多为官家修的驿道（国道），民间一般没有财力修建道路，因而国家修建哪里的驿道，人们出行就走哪里，同时就会带动哪里的经济发展，比如丝绸之路的官道，茶马古道的官道。这和我国之前的铁.路.部.门是一样的。所以，越是人口多的地方，驿道就越多，京城地区犹是如此。
不过，古代修建驿道重要的一点还是军事，方便控制边境地区。边境地区，天高皇帝远，皇帝为了在边境出问题的时候及时派兵支援，就会修一些驿道进行控制。
当时的南方，一来是人少，二来是距离容易产生战事的西部边关比较远，所以驿道就少。根据严耕望先生史学著作《唐代交通图考》所述，唐代通往南诏的道路中，主要的就是剑南道的青溪和石门，这两道都在四川剑南地区。
“剑南边区，诸道并出，而通南诏之青溪、石门两道为著，此《蛮书》已著录者，前人考研，颇失粗疏，今皆详为比证，事乃大明。“
因此，当时即便有其他的路线，李逍遥和赵灵儿也未必知道。所以选择主流的道路是很自然的。
Ⅳ.分析下李逍遥的路线发现是符合当时交通图的
根据游戏描述，李逍遥和赵灵儿、林月如他们行进的路线应当是：
余杭乘船——苏州（遇到林月如，蛇窟）——（乱入的湖北白河村与邯郸玉佛寺）——扬州（女飞贼）——京城（长安城里遇到刘晋元；彩依救刘晋元；酒剑仙带李、林去蜀山）——蜀山（应该是四川吧，锁妖塔破，被剑仙带去大理）——大理（南诏国）
根据地图我们发现，其实他们走的路线是比较符合当时的驿道路线的，苏州、扬州都是大城市，而长安城作为国都，驿道更是四通八达，再经蜀山剑南前往云南大理，虽然没有走直线，但是几乎一直在走官道，所以这算是最快捷的路线了。
填坑完毕，欢迎交流。
----------------------------------------------2014年8月11日更新---------------------------------------------------------
感谢 提出疑义，指出了原答案的一个漏洞，查了一些资料后，在此补充
葛城提出这样的一个说法，
陕南的驿道很难走，大宗货运根本不走那里，客运的话，游学长安的四川士子回乡也多走水道。
并向我推荐了史念海先生的《河山集》，我只找到了其中的第三卷（），在原书的P293-294 提及从长安到蜀地也有经扬州转走水运的，并且举了几个例子，其中说到韦庄的《秦妇吟》中秦妇由长安经扬州入蜀。
按照史先生的说法，那么从扬州到蜀地经过长安就完全没有理由了。
为何《秦妇吟》中的妇人选择走扬州入蜀呢？我找到了原诗中说明去江南的原因：
适闻有客金陵至，见说江南风景异。
自从大寇犯中原，戎马不曾生四鄙。
诛锄窃盗若神功，惠爱生灵如赤子。
城壕固护教金汤，赋税如云送军垒。
奈何四海尽滔滔，湛然一境平如砥。
避难徒为阙下人，怀安却羡江南鬼。
愿君举棹东复东，咏此长歌献相公。翻译一下就是说，我刚才听说有一个从南京来的客人，说江南没有经受战乱，人民生活太平，我现在真的羡慕当一个南方的鬼。
这说明，秦妇只是因为避难才去的江南，而不是因为这条路是方便的。
然后我又看了胡戟先生写的《隋炀帝的真相》，我在《隋》这本书P86找到了这样一张图片，
大业三年（605年），长安与江都（扬州）通航，虽然和长江一样，由江都经洛阳至长安也是逆流而上，需要纤夫拉船才可行进，但是相比长江落差较小，扬州海拔4~8米，西安海拔345米，成都海拔450米，宜昌海拔240米左右。结合陆游的《入蜀记》，三峡之险，渡船很难过去，因此由长江逆流而上入蜀都在宜昌换步行，陆游用了160天才入蜀，当然他中途喜欢采风耽误行程另说。因此相比于走长江，走长安那段路理论上更加节省时间。大业三年（605年），长安与江都（扬州）通航，虽然和长江一样，由江都经洛阳至长安也是逆流而上，需要纤夫拉船才可行进，但是相比长江落差较小，扬州海拔4~8米，西安海拔345米，成都海拔450米，宜昌海拔240米左右。结合陆游的《入蜀记》，三峡之险，渡船很难过去，因此由长江逆流而上入蜀都在宜昌换步行，陆游用了160天才入蜀，当然他中途喜欢采风耽误行程另说。因此相比于走长江，走长安那段路理论上更加节省时间。
还有一点，就是唐代已经开始从扬州运粮至长安了，足以说明此路线确实船只来往较多，方便搭乘。
指出，李逍遥从仙灵岛与灵儿圆房到灵儿大理产下李忆如，前后在杭州耽搁的时间不多。据 考证，“李逍遥醒过来之后婆婆告诉了他林月如已死和赵灵儿怀孕的消息，让他收集蛋壳和麒麟角。中间还发生了李逍遥回到十年前的事情，这段时间在现实中是一个月，阿奴说的，李逍遥消失了一个月，这个时间正好凤凰蛋孵好了得到蛋壳。然后回到婆婆家，婆婆说正好赶上，然后黑盘字幕出现“数月后”接下来就是灵儿生产了”按照怀胎十月来算，回到十年前的一个月加上数月（一般两三个月会直说，这里取“数月”为三个月以上）后灵儿生产，当时灵儿应当是怀孕4~6个月。也就是说李逍遥走长安一线应当是用了150天左右。而且李逍遥生性爱玩，路上遇到各种事情吸引注意力，耽误行程是必然的。不过这些一定程度可以说明，长安一线耗时上要比长江一线短一点。
综合而说，我觉得当时之所有没有选择由长江逆流而上的原因是
①长江多为漕运船只，漕运船只顺流而下，容易和逆流而上的船只相冲撞，
②扬州作为全国商品特产集散地，有很多货通长安的船只，可以搭乘顺风船。
因此出蜀经长江水路方便，入蜀两条路各有利弊，选择也许是随机性的。
这个随机性很有可能是这样的，
首先逍遥和灵儿当时无论选择走哪条路都是要从余杭到交通枢纽站扬州城的，而到扬州必须要去苏州，这就是这个问题的答案。
当时他们出了扬州城遇到了进京赶考的秀才，秀才害怕遇到危险，就请求李逍遥和林月如护送他，无奈之下，李逍遥的侠义精神又上头了，答应送他上京，所以这个时候他们走的路线应当是上京路线。
后来二人打败金蟾圣母在野店被盖罗娇迷晕，醒来的时候到一个城镇打算坐船走的时候恰好遇到了月如的云姨，云姨大概是说了刘晋元病了，然后她要回长安，作为表妹的月如遇到了和自己感情深厚的姨妈，又听说表哥病了，而且去长安也是西行，因而当时他们选择走长安这条路也是合情合理的。
----------------------更新 扬州到成都铁路---------------------------
感谢 在评论中指出，从扬州到成都只有一辆火车 K245/K248（），而这辆火车是有扬州出发，经徐州、开封、洛阳、西安、宝鸡入蜀的，基本和李逍遥等人的路线一致。
虽然铁路的修建，线路的设立有很多的因素，不过也能间接地说明，扬州入蜀，这条路自古到今都应当是存在的，而且走的人比较多。
