爱华网1，全体动员。首先要考虑这些部队里上到最高指战员，下到大头兵的想法。
封建社会，甚至直到刚解放时，整个中国社会是完全封闭的，各个村镇，各个组织，各个阶层，朝廷本身都是封闭系统。五千名战士，如果脱离解放军组织，在当时的社会，个人几乎完全无法存活。
因此，在刚刚穿越的时刻，党组织需要快速反应，分析局势，召开全体动员会议，让全体战士搞明白，新中国此时是回不去了，此时只有靠手里的枪，夺了鞑子皇帝的江山，个人才能幸存，只有重建新中国，个人才能过上好日子。由于和当时的社会完全脱节，解放军战士将完全没有后路，这只队伍将比中国历史上的任何一支正规军、义军更绝望，因此也更强大。
2，更换装备。迅速确定能够在当时的社会生产的、稳定供应的主要武器，并训练以此武器的战法，并想办法获得能够武装全员的武器和弹药。之后封存手里有限的现代兵器，留作杀手锏。战争史我不懂，不过清初最先进的武器应该是滑膛枪、长矛、西班牙大方阵大概？还是排队枪毙？至于如何抢夺当时的武器，可以考虑靠夜战装备、烟雾弹、照明弹等制造恐慌，奇袭几个清军军营或者县城，夺取其武器库，放火，然后靠机动力量脚底抹油。
3，建立根据地。实际上从明末到清末到土地革命，中国的农村，特别是偏远山区的农村，经济上几乎没有任何变化和进步，甚至有所倒退。假设该部解放军随军携带全部党史、军史研究资料，解放初的全国详细地图，地理情况可能有某些河流的改道，某些居民点还没有出现，都是小误差。所以很快就能根据穿越地点，结合土地革命时期的根据地、抗日根据地，找到附近最合适的山头，剿灭当地的土匪，建立苏维埃政府（井冈山时期就是这么干的）。凭着那些还没出生的革命先烈的经验，和少量能制造震撼效果的装备（声波弹、烟雾弹、照明弹、轰鸣的柴油机、扬声器、投影仪，只要策划的好，岂不若天兵下凡一般），打几个土匪应该不费吹灰之力。
3，土地革命。不用说了吧。以根据地的山头为中心，直接照搬土地革命。情况和真正的土地革命时期基本上不会有太大的变化。实际上，上至盗拓、黄巾，下至太平军，所有稍微像样的起义军，三千年来，提出的口号都差不多，都是分地，全世界所有造反成功的地主武装，很多都承诺给老兵分地（虽然往往不会履行）。所以土地革命的理论，与其说是来自于马列毛，不如说是来自于资治通鉴。老百姓什么时候真正相信你？当然是你烧了地主的地契，把革命政权承认的土地所有权的证明发到老百姓手里的时候。当他们收了一季粮食，只交极少的税（甚至革命政权初期可以考虑免税），把自己种的粮食装进自己的米口袋的时候，他们将世世代代誓死效忠。此时再组织民兵、赤卫队，扩充正规军，红色政权将会像正史上一样，生根发芽，迅速壮大。
4，造势。靠之前所述之手段，解放军大可自称天兵下凡。（其实即使实话实说，穿越这种事，也和天命无异。）清初，鞑清杀孽甚重，断发易服，人心思旧，天下本来人心骚动，上到士大夫，下到贩夫走卒，整个社会的精神状态都处在国破家亡绝望之中。此时，解放军应该也基本适应了当时的环境，可由特种部队牵头，战火洗礼过的土著新党员为主，整编出专门的地下党组织。先不着急表明革命宗旨，但言天降神兵，助尔反清，以少数现代兵器为证，以无线电设备为工具，将党组织扩散到以南中国为主的所有地方，串联一切反清力量，很快就能掀起一场轰轰烈烈的大叛乱，而且依靠无线电设备的组织和时间差，完全有可能一夜之间，天下皆反，鞑靼反动政权势必被淹没在人民战争的汪洋大海之中。而掌握了所有反叛势力联络方式的红色政权，则成为实际的义军盟主。
5，革命火种燃遍天下。短则五六年，长则十几年，红色政权在根据地、在地下党组织控制的全国农村，应该已经培养了一批高素质（识字）的、忠诚（出身低成分好）的党员、预备党员、积极分子、共青团员、儿童团。待清军在大叛乱之下不得不退出南中国，各路义军开始互相攻伐之时，红色政权亮出底牌，靠这批骨干力量在全国的农村开展土地革命。此时整个南方估计局势类似元末，遍布小型割据势力，他们此时都没有意愿（横竖先革别人的命然后我去捡漏），没有实力（地盘不够大军队不够多），更没有胆量（解放军天兵的名头）反对革命了，更何况很多势力也许从起兵时就掌握在地下党手里。一旦各地的农村完成土改，能够动员起的军队，仅仅从数量上就会完爆任何一支割据势力，也会完爆清军，甚至完爆当时世界上的任何一支军队。在加上未来人对武器、战术发展的先知先觉，少量现代武器、科技造势，参谋部和无线电指挥系统，农民战士保卫自家土地的热情，最重要的是，党组织踢爆全场的组织性，如此，别说北伐清政府，然后追亡逐北扫平整个漠北、东北，也可顺势灭亡朝鲜，进军中亚、东南亚，何况当时整个地球处在小冰河期，全世界各个政权内部动荡不堪，恐怕没人拦得住进击的苏维埃了。
总结一，实际上以上就是党（军）史正史的缩影，也分为1.拉杆子造反抢装备（南昌起义）2.剿匪上山（井冈山会师）3.建立苏维埃领导土地革命（瑞金苏维埃）4.反清统一战线（抗日统一战线）5.北伐平定天下（解放战争）。只不过每个阶段的敌人都换成了逗比版本，难度立降一级。不过回到题主的问题，可能真正正面杠清军的战役会极少，初期我军太弱要避其锋芒，特别是要避免平原上正面遭遇蒙古骑兵，那样即使获胜也会损失大量弹药和部分人员。之后随着大叛乱和土地革命的推进，清军被蜂拥而起的叛乱直接淹死，还没摸着根据地的门估计就退回北方了。再之后一旦土地革命遍地开花，清军只有被一波流碾压的份，老家都保不住，最后作鸟兽散矣。
总结二，回到问题，解放军5000也好，2000也好，只是决定第一个根据地的大小，兵少点就初期扩张的慢点，所以兵不在多。现代装备除了造造势、吓唬人，几乎没什么卵用。清初时中国南方基本遍地反贼，清政府势力根本没站住脚。人民政府必须要建立，但和瑞金苏维埃一样，是山沟沟里的政府，目的是领导土地革命。最后统一中国，建立全国政权那是另一回事。
总结三，解放军的核心竞争力在于一插到底的党组织，以及支撑这个党组织的简体字教育、洗脑理论、等级制度、无线电通信技术，以上，其实就是一个超开挂版的白莲教，但比白莲教强大10086倍。次一点的竞争力在于，从新中国带去的完善的资料、地图、数据，先进科技、武器、战术等。但最重要的一点，是穿越者所带去的未来新中国的影像、照片、音乐等，在明末清初的民族绝望时刻，这些东西必然像是来自天堂一般的希望，如果每一个革命战士能从投影仪上，亲眼看到二十一世纪的城市CBD（各种直升机俯拍）、老百姓吃得有肉有菜白面馍馍（舌尖纪录片）、高铁和巨轮（大国重器纪录片）、天安门前整齐的方阵（新中国历次阅兵录像），他想到自己的孩子有可能生活在这样的世界（加起来太长，剪辑做成一个短篇好了），那这个革命者是绝不怕死的，不怕死的军队是不可战胜的。
