爱华网在职能归并不到位的情况下，部委之争势所难免。
以越来越多部门 利益争夺呈现的大部制运行现状， 折射出中国改革进入“疲劳期”的普遍共识 2009年11月3日，文化部召开新闻发布会，公开指责新闻出版总署对网络游戏《魔兽世界》的处罚“越权”，舆论一时愕然。 在表面上运转有常的中国行政管理体系里，部委间的矛盾通常隐藏于高墙大楼之内，争鸣于更高决策者案前，销匿于折冲樽俎之际，而将矛盾公开于社会公众面前，不能不说是大悖常例的举动。 四个月后，在全国“两会”上，工业和信息化部部长李毅中透露，电信、广电、互联网三网融合的试点方案预计将于5月出台，6月启动，核心是要在电信和广电的双向进入上找到切入点。而电信和广电之间的相互设限，正是在三网融合的技术趋势出现十年之久，目前还未有实质性推进的根本原因。 某种意义上，“网络游戏之战”、“三网融合僵局”都可以看作是两年前大部制改革的遗留命题。2008年3月启动、被称为建国后第六次机构改革的大部制改革，涉及15个部级机构的调整，其中两项机构调整结果出乎人们之前的预料，信息产业部并未与广电总局进一步整合，以推进三网融合，而是另行成立工业和信息化部；备受社会诟病的铁道部，在建立“大交通”概念的强烈呼声中，依旧保持了其独立性，成为历次政府机构改革后所剩无几的“政企合一”的部门。 “2008年的大部制改革本身就是一个过渡阶段的方案，一些领域人们盼望的改革并没有实现。而且，部委合并之后，多半还是物理意义的1+1，合并的化学反应并不明显。”中国社科院宪法与行政法研究室主任周汉华认为，“甚至实际效果也有1+1小于2的，比如原先国务院信息化办公室作为国务院一个办事机构具有协调能力，归并于工信部后，后者作为国务院一个部委来协调其它部委推进信息化时反而显得力不从心。” 在职能归并不到位的情况下，“新大部”与“老部委”，面对传统势力范围的重新分割，上演的仍是司空见惯的部门利益争夺战。至于这种管理是否有利于提高市场和社会运转的效能，是否符合“公共服务型政府”的理想治理模式，已是力所不逮。 问题远不止于此。周汉华认为，在现有的政府职能设置原则下，即便是职能归并到位，也只是完成了物理整合意义上的大部制，而真正意义上的大部制需要和市场经济以及网络时代的扁平结构相适应。所谓政策的综合和分散的执法，是大部制一个问题的两个方面。 中国政法大学法学院副院长薛刚凌对此表示认同。她举例说，英国大部下面有相对独立的执行机构，决策机构和执行机构之间实际上是一种合同制关系，决策部门实行远距离控制，不直接控制执行部门的人、财、物。与此相反，中国的许多部委通常是决策、执行和监督三位一体。 “三权合一”的大部一方面留下了诸多管理的死角——那些真正需要提供的公共物品如教育、医疗总是供给不足，另一方面大部们却有极高热情去插手经济领域出现的“生荒地”、“新边疆”。例如在新能源领域，和产能过剩同时存在的，是发改委、工信部、科技部各行其是、相互掣肘的“管制过剩”。
在中国政法大学教授李曙光看来，中国的市场经济和社会发展很快，一些新的公共空间要界定由谁来管理。所以大部制改革要想到位，最重要的配套是发展社会中介组织和新的社会组织，在市场经济的框架下，它们可以承接和分担现在由政府来管，但不应该由政府来管的事情。 以越来越多部门利益争夺呈现的大部运行现状，某种程度上折射了中国改革进入“疲劳期”的普遍共识。不论是新大部和老部委，本身都缺乏改革的动力，作为下一步有可能被继续改革的对象，只能以抓住眼前利益为中心。而社会力量在决策过程中发挥的作用有限，专家则逐步蜕变为不同利益集团代言者。在这种情况下，机构改革的动力从何而来？ 周汉华认为，一是从上而下，来自中央政府，尤其是中央领导的决心和政治勇气，因为如果不改，中央的意志无法得到尊重，中央领导不会允许“政令不出中南海”的情况发生。更重要的则是依靠市场化改革的外在压力。现在的政府管理体制很多情况下已经阻碍生产力的发展，社会发展的需求最终将反映到机构改革中来。
