爱华网如果用上述三类方法（即并用项目管理、团队管理和项目组织阶段细分思想解决科研管理难点，详见《科研管理的难点与解决思路》一文）解决科研院所生产管理难点，那么必然同时导致作为管理手段之一的课题组织模式发生变化。如果说上述三种方法是解决科研院所生产管理难点的最佳方法，那么由此引发而出的课题组织模式，就是科研院所科研项目的目标组织模式。这种目标组织模式是什么呢？复斯公司将其名为“深度项目管理型组织模式”。
深度项目管理型组织模式，整体说，就是以项目管理型组织模式——临时课题组织体系功能强大——为基模，以团队理论和项目组织阶段细分思想二重修正结果为具体形态和特性的模式类型。具体说，该组织模式有三大特征：较强临时组织功能、较多项目组织阶段、较高团队化程度。下面对该三个特征进行简单描述，尽量摹画出该目标组织模式的概貌，以利于大家的理解和把握。
较强临时组织功能
首先，完成一个科研项目的多个课题组之间，存在实际的组织管理关系，真正构成一个实质性的临时组织体系。不仅主课题对子课题有组织上的管理和被管理关系，且子课题与子课题之间也存在着相互管理关系——如果之间存在业务关联的话；其次，所有这些组织上的关系，都有相应的权力保障作为基础。行政组织依靠的权力基础是完整的行政权（其中包括业务管理权），临时组织体系中课题组的权力类型是业务管理权（完整行政管理权一部分的阶段性分权），包括业务计划权、收入分配权和绩效考评权。课题组与课题组之间，如同市场中两个合作企业一样，依据项目业绩计划（相当于双方的合同），有相应的考核验收和据此的费用支付或扣罚权，这样，相互之间的组织关系可以得到有效的实现；最后，课题组的工作边界、尤其是主课题组的工作边界扩大（相比课题制组织模式下课题组工作边界），功能也相应增加或强化。以前由院科研管理部门对子课题组的管理工作，大量、甚至全部由主课题组承担，从而大大简化常设组织体系课题管理的工作量，可以把更多的精力放在对主课题组的管理以及整体科研成果的评价上。
目标组织模式下，行政组织体系在整个课题组织体系中的成份与现在相比会有很大程度的下降，而临时组织体系的成份则会有很大程度的提升，成为基础性的成份或主要成份。常规行政组织体系对项目的管理整体上会减少，大量工作由项目临时组织体系完成，或者，虽然常规行政组织体系的管理工作量没有减少，但管理工作的质量会提高，项目管理的深度会加深，原方式下做不起来的工作，也会有效做起来，执行力会有大幅度提升。
较多项目组织阶段
就每个课题或其中的子课题而言，相应课题组的成员如果没有发生重大变化，视为一个组织阶段，如果发生重大变化，则视为出现不同组织阶段。发生过一次重大变化，视为该课题或子课题有两个组织阶段，发生两次变化，视为三个组织阶段，依次类推。项目组织阶段越多，意味着科研人员在课题中的工作区间越小，从而每类人员的工作分工越细，因而能避免“一做到底”、创新性项目的人力资源投入不足等现实问题，不仅可以提高每类人员的工作效率，而且从整个院（所）的项目结构看，也可以提高每类人员使用的准确性——这更是在提高人力资源的使用效率。
目标模式下，每个科研院所根据自身人力资源管理的水平，对具体课题的项目组织阶段在事前就有明确的划分，单组织阶段的课题组织模式会减少，而两个或以上的多项目组织阶段的课题组织模式会增加。从而使得课题临时组织体系非常灵活、丰富，与项目管理属性充分匹配，单个项目的组织效率和科研人力资源的使用效率都可以得到较大程度的实现。
较高团队化程度
首先，存在大量跨专业、跨部门、跨行政体系的横向、综合课题组，尤其是对创新性程度要求较高的课题或相应的课题组织阶段，这样的横向综合课题组越是普遍；其次，课题组之间及课题组内部人员之间的合作程度较高。在配套设计的项目业绩管理模式下，课题组之间及课题组内人员之间的利益一致性程度较高，并且配套设计的项目组织管理制度和相应程序也在组织上提供了密切合作的工作机制和工作平台。从而，课题组与课题组之间的集成化程度提高，课题组本身的团队化程度提高。
从课题分解的角度看，目标模式下，通过横向分解形成的跨专业、跨部门和跨行政体系的课题增加——进而横向综合课题组增加，不再以专业区设作为课题分解的主逻辑。从而可以在现有的人力资源和科研条件下，较大程度的提高科研院所在科研项目上的创新上限水平。
