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使用财务软件已经不是资金雄厚的大中企业的专利，越来越多的物流公司也已紧跟大中企业的脚步，开始配置财务软件。值得注意的是，由于物流公司在规模、资金、人力资源、经营方式上与大中企业都有很大的区别，所以在实行电算化时也应有自己特殊的考虑。
一、物流公司实行会计电算化带来的变化
改变了会计数据的处理方法。在手工条件下，会计核算工作要由许多人共同完成。实现会计电算化后，输入一张会计凭证，会计电算化系统可自动进行记账、汇总、转账、结账、出报表等一系列工作，对于大量重复出现的业务，系统可以按模式凭证自动生成记账凭证。对于编制会计报表、成本计算等非常复杂且时间性要求很高的会计核算工作，会计电算化系统可以按照一定的程序，由计算机及时抽取数据，随时输出报表，复杂的会计核算工作不仅变得简单、迅速，而且大大提高了会计资料的准确性。
改变了财会人员的工作职能。会计电算化将促进会计人员的知识结构向既博又专的方向发展，从而提高会计人员的素质。会计工作效率和质量的全面提高，使广大财会人员能从繁杂重复的登账、结账、算账等劳动中解脱出来，从而有更多的时间和精力参与物流公司经营管理，使会计工作向更高层次发展，在经济管理中扮演更加重要的角色。
改变了会计数据的修改技术与内部控制制度。会计电算化后，手工条件下对账簿记录错误的划线更正法将不再适应，取而代之的是修改权限、修改标志、凭证冲销等方法，对于经过审核、记账、甚至结账后发现的错误记录，还可以利用电算化系统提供的反结账、反记账取消审核等功能进行修正，这在手工条件下是不可想象的。而手工内部控制制度则一部分保留，一部分更正，这一部分将转化为计算机程序控制。例如，账、钱、物三分管的原则不变，处理每一项经济业务必须有明确的职责分工的原则不变，但平行登记的原则会有所转变，记账、结账则转化为计算机程序控制。
二、物流公司实行会计电算化存在的问题
会计人员对会计电算化的作用认识不足。会计核算电算化是物流公司会计电算化的第一个层次，主要内容包括：设置会计科目、填制会计凭证、登记会计账簿、进行成本计算、编制会计报表等。而会计管理电算化则是在会计核算电算化的基础上，利用会计核算提供的数据和其他有关数据，借助计算机会计管理软件提供的功能和信息，帮助财会人员合理地筹措和运用资金、节约生产成本和经费开支、提高经济效益。
然而，长期以来，物流公司会计人员对会计电算化的作用认识不足，还处于会计核算电算化的水平。物流公司应在实现财务会计电算化的基础上，积极推行会计管理电算化。
会计信息系统使用的理念不清晰。一些物流公司在会计信息系统使用的理念上还有不务实的现象，将其看作是一种身份，一种形象，在购置软件时盲目求大求先进而不顾物流公司实际，造成高价购进的软件只能有小的使用。还有些物流公司只重软件，不重视或不懂软件的维护和二次开发及管理环境改善。
部分物流公司电算化仅仅是为了减轻会计人员的工作负担、提高会计核算效率，没有意识到建立有效的会计信息系统对物流公司的重要性，造成会计人员提供的信息不能了及时、有效地为物流公司决策及管理服务。
已经实行会计电算化的物流公司，无论是物流公司的领导，还是物流公司财务部门的财会人员尚不知道上面这些专门针对会计电算化的规章。甚至有的地方的经济管理部门也不知道会计电算化规章的内容。
会计人员对会计电算化的安全防护意识不强。 会计人员对会计电算化的安全防护意识不强，表现在这几个方面：
自行开发或委托开发的软件在开发和设计中，开发和设计者未能全面、科学地设计考虑，结果所设计的财务软件与实际会计工作相脱节，导致常常出现差错。会计电算化的具体操作者未能按照一定程序操作，导致会计资料的丢失或错误的出现。按照财政部颁布的《会计电算化管理办法》的规定，发生新的经济业务内容在经过电算化账务处理后，应坚持当天备份，且要双重备份，并分处、分人保管。物流公司财务人员对计算机病毒的侵入防范意识不强，未能采取有效措施防范病毒和“黑客”的侵入。
会计档案形成和保管过程中存在风险。主要是一些实现会计电算化的物流公司，其会计档案是通过针式打印机打印出来的，经过一段时间后，字迹往往会褪色，达不到规定的保存期限要求。对此，一方面可采用激光打印机打印，另一方面可采用电子账簿的形式来弥补其不足。
三、改进物流公司会计电算化存在问题的措施
加强会计人员会计电算化应用能力的培训。在积极推进物流公司会计电算化进程中，加强财会人员会计电算化应用能力的培训，使其掌握相关的计算机知识，财务软件的使用技术、保养和维护、管理等多方面的专业知识。提高会计人员综合业务素质。
对会计、系统维护、系统管理等不同岗位的工作人员，应按不同内容、不同要求进行培训，落实培训效果。在培训的内容上符合实际工作需要，及时更新培训内容，学了就能用上，完善会计人员会计电算化知识结构体系。
完善会计电算化内部控制和管理制度。应根据财政部的有关规章，结合物流公司的实际，完善物流公司内部会计电算化的管理制度，以确保会计电算化的正常运作。
完善物流公司会计电算化内部会计控制制度。要从制度上明确岗位分工，划分岗位职责，在各岗位、各环节上下足工夫，不重不漏地设置“内部会计控制点”，规范授权批准程序，充分发挥岗位之间的制约和牵制作用，堵塞管理漏洞。根据新颁发的《会计准则》的要求，结合物流公司的实际情况，有针对性地制定了货币资金、实物资产、成本费用等经济业务的内部会计控制制度。
完善物流公司会计电算化管理制度。一般包括：对会计电算化信息系统人员的任职资格进行规划并划分职责的人员管理制度；操作规程、操作权限、操作记录的操作管理制度；数据输入输出的管理、备份数据的管理、存档数据的管理和保密规程的数据管理制度；系统维护任务、系统软件硬件的维护、系统维护权限的规定、机房管理的系统维护制度。
加强会计电算化信息系统的安全性管理。加强物流公司会计电算化信息系统的安全性管理，在实际操作中可以从以下几个方面着手：
物流公司主管部门应进一步完善会计管理制度，为会计电算化信息系统提供一个良好的工作环境；应该加强软件的管理与升级，做到会计人员配备专门的办公室和电脑，会计人员的电脑加装UPS并设置密码。实行用户权限分级授权管理，建立进入网络环境的权限制度，加强对计算机病毒的安全防范措施，建立会计信息资料的备份制度等。加强相关人员的网络风险防范能力。及时进行会计信息系统的更新和维护。对网络会计系统的安全防范能力采用一些措施，例如采用防火墙技术、网络防毒、信息加密、身份认证、授权等。加强数据的保密与保护。在进入系统时加一些诸如用户口令、声音监测等检测手段和用户权限设置等限制手段，另外还可以考虑硬件加密、软件加密等机器保密措施和专门的管理制度，如专机专用、专室专用等。
