制造转基因“超级杂草”和“超级害虫”事实上，那些抗除草剂或者能够自发产生杀虫剂的转基因农作物本身就蕴含了巨大的威胁。所有的害虫和杂草不可避免地会最终变得能够抵抗杀虫剂或者除草剂，这就意味着人们需要更多的有害化学物质来消灭这些害虫。能够抵抗除草剂的“超级杂草”已经开始出现。诸如油菜籽之类的转基因农作物已经将自己的抗除草剂特性传播到了相关的杂草如野芥菜中。实验室和试验田中所进行的一系列实验也表明，一些常见的农作物害虫如棉铃虫，因为转基因农作物而深受生存压力，不久就会自我进化，面对农药喷洒和其他一些保护环境的生物杀虫剂岿然不动。这就给那些采用有机种植和有利于环境可持续性发展方法的农民形成了巨大的威胁，因为他们所采用的抗击病虫害的生物管理方法是无法与这些不断增加的超级害虫和超级杂草进行抗衡的。全新的病毒和病原体
基因嵌入还会不可避免地造成一些人们无法预料的后果，对植物和环境造成令人咋舌的危害。多年以前，密歇根大学的研究人员曾经进行过实验，发现那些因为基因变异而能够抵抗病毒的农作物反而会导致这些病毒变异成为全新的毒性更高的形式。俄勒冈的科学家也发现转基因土地中的名为玉米根际联合固氮菌的微生物会从根本上破坏土壤中必备的营养成分。1997年，一个来自于环保局(EPA)的爆料人也发表了类似的警告，对政府批准了一种名为“苜蓿根瘤菌”的转基因土壤细菌表示了极大的愤慨。
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