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因此要解决好科研院所的考评问题，关键在于两个方面，一是通过业务流程的组织和考评对象的虚拟复合，增强科研活动的可考性；二是通过构建各个部门之间的利益关联，增加部门与员工的愿考性。首先，对科研院所的业务组织和运行方式进行调整与改造，构造相对独立的考评对象。 根据科研生产业务流程的客观要求，调整传统的业务组织方式，改变计划的形成过程。在整个业务过程，从市场竞标、到内部项目分配、生产各个环节（包括设计、采购、外协、组装等）以及售后服务，根据各个科研院所的实际情况，引入市场化的组织方式，并确定应用范围，在内部建立竞争性伙伴关系。在内部具有交易关系的部门或者团队就是院所层级的考评对象。之所以构建相对独立的考评对象，主要目的在于使这些考评对象的绩效结果能够观测到，并可以计量，其评价标准能够在交易主体之间的谈判过程中确定，并在此基础上形成指标，计划下达，从而解决科研生产活动的可考性较差问题，同时也为建立各个部门和团队的契约关系做好铺垫。 其次，用关联价值增加值构造利益关联。由于构造的考评对象之间具有交易关系，这一系列的交易关系完成了整个业务流程。因此，各个考评对象都处在一条价值链的各个环节，每个考评对象都对整个价值链有贡献。关联考评模式中，用关联价值增加值来衡量这种贡献，并作为各个考评主体的主要考评指标，同时，也是该考评对象奖金分配的基础。这样，任何一个考评对象的关联价值增加值与其相关联的部门的业绩情况密切相关，考评对象因为关联价值增加值作为自身的分配基础，而必然对影响本身关联价值增加值的有关其他部门，表现出前所未有的关注，如研究室会对采购部门的采购提出明确的质量、成本和进度要求，仪器仪表部门会改善自身的服务态度，而设计部门也会提高仪器仪表的利用效率。之所以要构建利益关联，主要是改变传统考评体系中的激励动力不足、解决考评中的愿考性问题，通过每个主体对自身利益的关注，提高它对其相关部门业绩的监督动机，让其享有监督带来的收益。这样，不仅解决了考评信息收集难、结果兑现难、考评打分难等问题，而且，还可大大减轻院所层级的考评压力，降低职能管理部门和业务部门的冲突，简化考评程序，降低考核成本。 第三，强调团队考评。在部门和项目组内部，员工的考评应交由团队自我考评，因为个人绩效信息在团队内部是更加公开的，团队成员之间最了解彼此的努力程度和价值贡献。以团队考评为基础，员工的考评由团队自我考评来进行，可以解决“复合结果”生产过程中的岗位、部门贡献不易计量的问题，有利于提高考评的准确性。当然，对于有些职能部门和生产加工部门，可以继续采用一元纵向考评模式。
