爱华网南水北调工程对水源地来说至少增加三种成本：一是移民成本；二是发展成本； 三是生态环境成本。但是，现阶段跨流域的生态补偿机制存在不少困难。 主要问题是补偿方式和资金来源单一。对于汉江湖北段的生态补偿，现阶段主要以项目为主，在丹江口库区，主要是针对20个水污染防治和水土保持项目，在汉江中下游，主要是水利枢纽等工程。目前的补偿方式很单一，缺少对产业受限区的产业扶持政策等补偿措施。同时，补偿资金太单一，主要源于中央财政一般性转移支付，缺少横向补偿。另外，相关补偿政策和项目缺乏长效性，相关补偿制度执行也不到位。 笔者认为，应该从以下几个方面改善目前的生态补偿机制。
第一，建立多渠道生态环境补偿基金。生态补偿不能单靠政府补贴，要建立补偿制度。在这个制度下，应该通过提供低息贷款、延长贷款偿还期、给予税收减免、允许固定资产加速折旧等优惠政策，鼓励私人积极参与生态产业的投资；利用资本市场进行生态融资，可考虑发行生态补偿基金彩票或中长期环保债券，或提供各种优惠政策鼓励更多的环保企业上市，建立生态补偿基金。 第二，财政要向环境基本公共服务均等化倾斜。可以考虑将环境质量状况、重点生态功能区、自然保护区、环境基本公共服务建设成效等纳入一般性转移支付的考虑因素，加大环境保护转移支付的力度。 第三，建立异地开发生态补偿试验区。可考虑在容量相对丰富的受水地区建立异地开发生态补偿试验区，制定相应的政策法规和保障措施，由上游地区前去招商引资和异地发展，并以发展所取得的利税返还支持上游地区的生态环境保护和建设。 第四，实施项目补偿制度。依据流域上下游产业结构特征以及上下游生态保护的功能分区，由中央政府组织开展流域上下游产业结构调整和布局的总体规划，上游地区由于生态保护的原因不得不拒绝一些效益好但有污染的项目，下游地区引进的一些无污染的高科技项目和生态项目等应该由双方协商转移到上游地区。 第五，推进就业补偿。指定下游工业园区在上游地区定向招收工人，实现劳动力向发达地区转移，解决上游地区的就业问题，降低上游地区的人口环境承载压力。
