爱华网新制度经济学认为市场经济理论（新古典经济理论）和中央计划经济理论都忽视了能控制交易成本的制度的作用，他们均隐含地假定，现存的制度是理想和合适的制度。因而在现实世界中，中央计划管理理论遇到了代理人问题、激励和信息不对称问题，如因无法控制代理人和信息不对称而带来的内部人问题；新古典经济理论遇到了外部性问题，如微观代理人不愿意考虑不愿意考虑他们行动所有的成本和利得而引来的环境问题。具体而言，新古典经济忽视了三个领域的研究1.各种可供选择的社会法规（产权）和经济组织如何影响经济行为、资源配置和均衡结果。2.在同样的法律制度下，经济组织的形式为什么会使经济行为发生变化？概括而言，象企业以及其他一些经济契约的经济逻辑是什么？3.控制生产与交换的基本社会与政治规则背后的经济逻辑是什么？它们是如何变化的？而实际上组织和制度不是不变的，他们随时间和地点而改变，随政治安排和产权结构而改变，随所用的技术状况而改变，随交换中的资源、物品、服务的物理质量不同而改变。事实上，生产不仅仅涉及到把投入品转化为产出品的物质性转换，而且也涉及到资源、物品、劳动力等所有者之间产权的转移。在权利转移中，不论是在企业内部，还是在市场上，行为者总是在各种组织制度的约束前提下来使他们的目标函数最大化。
新制度经济学旨在提供分析经济行为和制度之间相互作用的一种独特的经济思考方法和研究工具。其中经济制度涉及正式和非正式规则的建立和实施效果两个方面。同时因为这些规则的建立和实施是政治和社会进程的结果，所以，研究制度的变化显然必须打破法律和经济史以及政治学、社会学和人类学自成体系的研究领域，这些领域近年来对于新制度经济学研究方法的产生和发展做出了大量贡献。
拉卡托斯将一份研究纲领分为两个组成部分：纲领的不变的硬核和它的可变的保护带。对于一种研究纲领的修正，是重新调整它的保护带。而对于原有研究纲领的内核要素的改变则意味着形成一种新的研究纲领（范式）。稳定性偏好、理性选择和相互作用的均衡结构构成了微观经济学范式的内核，它成了本世纪经济学主要的研究纲领。其保护带按照努森的说话可以分成三个部分：1.主体面临特定环境的约束；2.主体拥有特定的关于环境的信息；3.研究特定的相互作用的方式。新制度经济学通过引入信息和交易成本以及产权的约束，修正了新古典经济学的保护带，从而保留了传统微观经济学的硬核，从而保证了与传统微观经济学在研究范式上的一致性，强调了新制度经济学的微观基础，有别于抛弃了新古典经济学一些硬核的制度经济学。
根据有哪些变量被看成是内生变量，新制度经济学的分析可以分为若干个层次，该书主要是分为三个层次进行分析的：第一个层次，产权结构和组织形式被明确模型化，但是外生性的，而且主要强调他们对经济的影响。第二个层次，组织交换的活动被内生化，但是产权的基本结构仍是外生的。企业内部的交换，通过正式市场的交换，以及非市场情况下的交换，等等，都是通过能约束各方的经济契约来组织进行的。第三层次，通过引进交易成本概念而把社会、政治规则以及政治制度结构内生化。其目的在于想把不同领域学者的不同类工作放在一起，来揭示研究经济系统的一个新图景和新方法。从根本上说，新制度经济学是微观经济学的一般化和扩展。
