进化工程学胚胎形成制造的一个进化工程解决方法可能是这样工作的：一开始产生亿万个随机的分子级“人工DNA”串，每一个都可以被转译为块状的三维分子结构。然后预先设计好的分子级纳米机器人进入块状物内，测量其想得到的微产品的形状和功能的相似程度。那些得到更高分值的块状物将会使其相应的人工DNA生存下来并且在下一代有更多的复制品(孩子)。根据达尔文理论，那些功能上差些的块状物会死亡，因此产生了一种“适者生存”的策略。子DNA然后会微小“变异”(也就是在某方面改变人工DNA中的化学指令)。偶尔地，一个变异的子DNA会产生比其父辈“更适应”(表现上更好)的块状物。通过很多次循环后，一个能够生长出合适形状和功能的块状物所相应的合适的人工DNA就产生了，结果是一个能够表现出某种有用功能的分子产品。
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