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国有独资商业银行“综合改革”术语起源于2001年～2002年间，当时的中国人民银行牵头在全国金融工作会议后组建了国有独资商业银行综合改革专题小组，但所谓“综合改革”在实践上是指各个方面的推进：如法人治理结构、内部控制制度、不良贷款化解和减员增效；由于当时的决策层把上述的各种症状当作病因，因而在各个层面的改革在某种程度上是独立乃至孤立进行的。
1998年为了按照巴塞尔协议资本充足率要求改善国有银行处境，国家以2700亿元特种国债补充资本金，但是随着我国高储蓄倾向有增无减，资本充足率依然持续下降。
1998年～1999年根据第一次中央金融工作会议精神，提出了“党管金融”的概念，试图通过中央金融工委管住国有银行高级管理人员的方式，解决经营效益低下的问题。
1999年～2000年发现不良资产是制约国有银行经营乃至国际评级与融资成本的首要原因，于是有了1.4万亿元不良资产剥离，并把“不良贷款率每年下降2-3个百分点”作为硬任务。然而现实如此吊诡：一方面四大银行每年都完成了任务，但新增不良资产达到2万亿元的水平。
2000年～2001年中国人民银行在穆迪的协助下建立了“国有银行考核评价办法”，试图建立一种“标杆竞争”(yardstick competition)，同样让人始料不及的是，一方面，由于四大银行来自业务原本不交叉的专业银行，导致业绩根本没有可比性，另一方面历史包袱与管理问题的纠葛导致难以明察秋毫。
2001年～2002年改革又转入了法人治理结构领域，中国人民银行在世界银行的援助下聘请德勤会计师事务所提供咨询服务，引入了先进的法人治理理念。
2004年1月6日，国务院决定以450亿美元外汇储备注入中国银行和中国建设银行，标志着国有银行改革无论在方法论上还是在技术上都试图走一条新路，是一项综合改革的起点。
