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2007年12月11号我曾经发表博文《计算小规模纳税人的偷逃增值税额不能适用（国税发[1994]）59号文件》（http://zhangying55.blog.sohu.com/73217374.html），有不少朋友问我为什么，这是我在代理一个被稽查企业的案件中遇到的问题，在研究案件中提出了以上观点，向稽查机关阐明理由，并向国家政策部门反映了我的观点，这个案件最终圆满结束。目前（国税发[1994]）59号文件正在修改之中，据说已经进入审核阶段。
我的观点及理由如下：
案件假设：某商贸公司是增值税小规模纳税人，税务机关稽查出2001年、2002年的帐外收入没有缴纳增值税，且这两年的销售收入均超过了180万元的一般纳税人的标准，依照（国税发[1994]59号）文件第四条第二款：“对符合一般纳税人条件但不申请办理一般纳税人认定手续的纳税人，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票”，因此，稽查机关认为自第二年二月份开始，被稽察单位的帐外收入应当按照17%的税率计算缴纳增值税。
我认为被稽察企业的增值税率应当适用4%，理由如下：
一、法律体系分上位法与下位法，下位法必须服从上位法。在有关增值税的法律体系中，《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令[1993]134号）属于上位法，《增值税一般纳税人申请认定办法》（国税发[1994]59号）属于下位法，增值税暂行条例规定了小规模纳税人的征收率为6% （商贸零售企业现为4%），（国税发[1994]59号）无权改变小规模纳税人的适用税率。
二、每个法律文件都有一定的适用范围，不是放之四海而皆准的，《增值税一般纳税人申请认定办法》（国税发[1994]59号）的适用范围是增值税一般纳税人的申请认定管理程序，以及对于在申请认定中违反规定的处罚办法。该文件不能适用于税务稽查的处理。
三、国税发[1994]59号文件的第四条第二款规定：“对符合一般纳税人条件但不申请办理一般纳税人认定手续的纳税人，应按照销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票”。此条款是对符合一般纳税人条件应当申报却不申报的纳税人的一种行政强制申报措施，不是对增值税纳税人偷税数额的认定及处罚办法。
每个增值税纳税人的身份（一般纳税人或者小规模纳税人）的确定都必须履行一定的法律手续，（1）符合法定的条件，（2）纳税人申请，（3）税务机关审核认定，三个手续缺一不可。纳税人帐外收入应当按照其已经确定的身份和增值税暂行条例规定的税率计算缴纳增值税。一个小规模纳税人平时购货不需要取得增值税发票，将帐外收入按照17%的税率征收增值税显然与《增值税暂行条例》规定的纳税人的税负相悖。
国税发[1998]66号文件是关于增值税一般纳税人发生偷税行为如何确定偷税数额和补税罚款的计算，其适用对象是一般纳税人，其税额计算方法符合《增值税暂行条例》关于一般纳税人的应纳税额的计算方法，“偷税额为账外经营部分的销项税额抵扣账外经营部分中已销货物的进项税额后的余额”。
我的观点供各位网友研究参考。
