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当今的商业环境下，由于客户需求的多样性和快速变化，以及竞争的加剧和复杂性，使得任何企业都面临趋于复杂的挑战，比如产品线越来越多和复杂，需要根据不同的细分市场来确定不同的服务部门。科尔尼公司认为，企业面对外部复杂性的挑战，也只能以复杂性去应对。在公司寻求增长的过程中，复杂性的增加几乎难以避免。未来的焦点必定在于对复杂性的管理，而不是简单地减少复杂性。而传统的职能型结构和层级结构是无法应对复杂性和快速响应的挑战的，在这种情况下，矩阵结构以及与矩阵结构运作原理基本相同的项目型结构就成为必然选择。
矩阵结构和团队运作模式无疑是组织结构发展的方向，一方面企业需要横向打通流程，快速响应客户的需求，另一方面企业必须纵向做深，积累和提升能力，以支撑流程的有效运作。在矩阵结构下，跨部门的团队负责围绕项目的目标和任务开展工作，而功能部门/职能部门则关注资源和能力的建设，这样形成一个交叉的相互配合机制，就象一张密密麻麻的大网一样，能够牢牢地抓住客户需求，为客户快速提供优秀的产品和服务，提升客户的满意度和忠诚度。
现代企业研发流程是典型的跨部门活动，就非常需要跨部门团队运作。典型的研发矩阵组织结构中，包括如下跨部门团队：
集成组合管理团队（IPMT，IntegratedPortfolioMgt.Team）是公司或事业部的高层管理团队，该团队领导通常由公司或事业部总经理担任，负责产品战略规划和决策。
组合管理团队（PMT，PortfolioMgt.Team）负责根据市场分析制定市场规划和产品规划，并提交IPMT评审和审批。
产品开发团队（PDT，ProductDevelopmentTeam）负责实施产品开发过程，并向IPMT提交投资决策建议。
技术开发团队（TDT，TechnologyDevelopmentTeam）负责产品技术的开发工作。
在销售组织中，跨部门的矩阵化运作也随处可见。K公司是一家通信设备厂商，客户为各大运营商，销售上主要采用大项目运作的模式，如下图：
以上是一种基本的矩阵结构形式，核心问题在于在这种结构下，项目经理该管什么，职能部门经理（上图的销售部经理、产品部经理等）该管什么，他们之间如何协作，即项目经理和职能部门经理的职责划分和相互关系。根据项目经理与职能经理对项目的责权划分的不同，人们把矩阵结构分为轻度矩阵、平衡矩阵、重度矩阵三种类别。下表是这三种矩阵结构的比较：
大量实践证明，重度矩阵结构是绩效最佳的结构类型，尤其是在比较复杂和跨部门协作量很大的情况下更是如此。但是，重度矩阵结构对职能经理的角色和思想的转变是一个很大的挑战。在传统职能型结构或轻度矩阵结构中，职能部门主管既管人又管事，在矩阵结构下，职能部门经理需要把管事的权力交给横向的项目团队，专注于管人和资源，就像足球队主管，不再管如何打好比赛，而是关注培养合格的足球队员、研究最佳的体能训练方法等。这好像削弱了职能部门经理的权力，而这也正是职能部门经理抵触的关键所在。对于这一问题，应该换一个角度来看。过去，职能部门经理既管项目又管资源，由于各职能经理都在管项目，经常发生相互的争执和扯皮，项目运作缓慢，结果项目没管好；另一方面，职能部门经理也没有充分的精力关注资源的建设，资源能力也得不到持续提升。所以，必须转变工作模式，把项目管理的责任和权力交给项目经理，而职能部门经理通过专注资源的建设，可以更快更好地提高资源能力，更大地发挥他们在公司的作用和影响力。重度矩阵结构不仅强调横向的项目和流程需要加强，同样也强调纵向的资源和能力建设要加强，对公司整体而言，项目经理和职能部门经理都非常重要。
另外，项目经理向谁汇报？重大问题由谁来决策？这对矩阵结构的有效运作也至关重要。在很多情况下，项目经理被设置为向某职能部门经理汇报，如产品开发项目经理归某产品开发部的经理直接领导，其实还是职能部门经理在管项目，职能化运作的固有问题无法克服。正确的做法是，项目经理应该向更高一级的主管或团队汇报，该主管或团队是在各职能部门经理之上的，并由他或他们做出项目的战略性决策。而且，最好的方案是两个层次的团队运行模式，以产品开发为例：
这是一种真正的扁平化结构。在这种结构下，高层领导以跨部门团队运作的方式，通过及时的战略决策、充分的授权和对各部门资源的承诺及提供，有力地推动着项目矩阵团队的有效运行。
除此之外，矩阵结构还需要绩效评价、激励机制、资源调配、项目计划及监控等方面的配套管理措施。其实，不管采不采用矩阵结构，这些管理措施对于组织效能都是至关重要的，只是在矩阵结构下，需要对这些管理手段根据矩阵结构运作的目的和目标作出必要的调整。
矩阵结构的有效运作最终要落在文化的转变上，那就是从传统的职能型文化向团队型文化、流程型文化转变。在新型文化下，员工更加关注整体利益和客户的满意度，“这个地盘归我管，你不能插进来”那种部门壁垒的思想被打破，以客户为中心的思想真正体现在员工的言行中，各部门员工在横向的矩阵结构中协同工作，团队热烈讨论着业务流程的绩效并寻找提高效率的方法，员工的角色意识和结果导向意识都大大增强。从整个公司层面来看，强烈的市场意识、高度的协作精神和卓有成效的运作系统掌控了矩阵结构的复杂性，企业得以有效应对外部复杂性的挑战。
