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我国此次增值税改革，名义上将“生产型增值税”改革为“消费型增值税”，其实主要由于我国实行的增值税、营业税两种流转税并存制度没有改变，离真正意义上的“消费型增值税”还有很大距离，重复征税问题充其量只解决了一半。
第一，此次增值税改革只涉及增值税应税行业，即第二产业中的制造业和第三产业中的商品流通企业，占国民经济比例相当大的第二产业中的建筑业、第三产业中的交通运输、金融、旅店餐饮及其他服务业属于营业税应税单位，不能从这次增值税改革中受益。
第二，建安工程中的材料费所含增值税不能扣除。根据《增值税条例实施细则》、东北等地区试点方案和财政部负责人答记者问，此次增值税转型改革只涉及增值税一般纳税人固定资产投资中的设备和工器具购置费用，而把不动产购置及其建筑安装工程排除在外。建筑安装工程费用中的建筑材料、工程用水电等费用不论由建设单位自备还是由施工单位带料，其金额中均包含增值税，却不能抵扣。根据2007年国家统计，固定资产投资完成额中的建筑安装工程占60.9%。根据建筑行业的资料分析，材料费用在建筑安装工程产值中约占70%左右。因此在固定资产投资中没有纳入此次改革对象的建筑材料费用约占42.63%，远超过设备和工器具购置费用所占22.9%的比例。当然，从改革中受益的制造业，其设备等购置费用应该大一些，但建安工程中的材料费也不是小数。
第三，建筑安装工程费用中除材料费外的建安劳务支出所含营业税不能抵扣。（根据财政部有关文件，2001年9月1日前建设项目由本单位自有施工队伍承建且办理施工费用结算的，应该交纳营业税，不办理结算的不交营业税；2001年9月1日后，由内部施工队承建的项目一律不交营业税，接受外部施工企业提供的建安劳务，由外部施工企业交纳营业税）第二条所述建筑材料的运输费用中包含的营业税，也不能抵扣。
第四，建安工程中的材料费用不但本身所含增值税不能抵扣，在工程项目由外部建筑安装企业承建的情况下（一般工业企业建造车间等像样的大工程，通常采用外委方式），还必须把含增值税的材料费用作为计征营业税的基数，这等于税上加税。（新《营业税暂行条例实施细则》规定：“纳税人提供建筑业劳务（不含装饰劳务）的，其营业额应当包括工程所用原材料、设备及其他物资和动力价款在内，但不包括建设方提供的设备的价款。”值得注意的是，修订前的实施细则对此表述为：“纳税人从事建筑、修缮、装饰工程作业，无论与对方如何结算，其营业额均应包括工程所用原材料及其他物资和动力的价款。”新细则虽然删除了“无论与对方如何结算”字样，但“工程所用”显然包括建设方提供的建筑材料和施工用水电等。）。
第五，增值税应税行业在日常经营活动中向营业税应税行业支付的费用中所含营业税也不能抵扣（除了运输费用可抵扣7%外），比如电信费、咨询费、律师费、保险费、交通旅费等。
第六，上述不能抵扣从而多交的增值税、营业税，还会产生相应的附加税费（城建税和教育附加）。
上述几个方面存在的重复征税问题，一是来自增值税与营业税两税并存，二是来自增值税税则对固定资产概念的狭窄定义。只有同时解决了这两个问题，才能真正称得上实行了“消费型增值税”。
根据财政部的测算，国家为此次税制改革将要付出减征1200亿元税的代价。如果完全解决上述重复纳税问题，恐怕这个金额翻一倍都打不住。但我认为，应随着国家财政承受能力的提高，逐步解决这些问题。至少，我们不能轻言现在已经实行了“消费型增值税”。
此外，世界上实行增值税的国家基本上以增值税涵盖所有行业，除针对特殊消费品征收消费税和针对外贸征收关税外，一般没有其他流转税种。我国实行两税并存制度，已在现实中造成很多麻烦，什么兼营、混合销售，把人搞得头脑发昏。因此，国家应该尽快考虑两税合并。
