爱华网自从两税合并议题在2005年人大会上被提出来后，此间争论就没有停息过。2006年11月6日，有消息称，关于两税合并的相关草案将提交人大审议，这更明确了两税合并的实施动向。但面对国内反对声音，两税合并方案具体出台，可能还要有一段时间。
现在，国内反对观点主要集中在：如果两税合并，会不会影响到外资对中国投资，会不会使现有的外资企业从中国撤资，从而影响到中国经济的发展。
任何政策出台，都会有利与弊，关键是看这利大还是弊大。
如果两税合并，国资企业和外资企业税收负担将在同一起跑线上，这使得原有国资企业与外资企业竞争不平等地位拉平，这无形中提升了现在国资企业的竞争力，这将改变我国民族企业所处双重被动——国内外双重不平等竞争局面。从长远来看，民族企业的发展与壮大，将有力我国整体实力的提升，民族企业的发展，对于我国战略安全也至关重要。
两税合并后，有可能会冲击现在的外资投资体系，在一定时间内，外资投资会有所减少，甚至会有外资撤资现象的发生。但是，国外投资不仅仅取决于优惠的税收政策，其金融秩序、自由竞争环境、稳定政治环境、劳动力状况等等诸多方面都会影响外资投资，税收优惠政策的取消，只能影响到一小部分，如果地方政府在改善投资环境方面多下点功夫，税收优惠政策的影响，将会被其他因素的改善而中和掉，甚至会使更多的外资涌入。
两税合并后，地方政府的税收将增加，地方公共实施将得到更多的改善。改革初，政府为了吸引外资，对外资企业提供了优惠的税收制度。但是，从现在发展水平来看，大量外资的涌入，地方政府并未从外资投资中获利。税收的优惠，使得国外企业额外的获利，地方政府税收无形中被减少，同时在管理外资过程中，增加的成本大量的消耗了政府的资源，由于税收相对较少，地方公共设施的改善、福利事业的发展也受到了影响。如果能够实行两税合并，这将使地方政府的收入有所增加，增加的收入可以使地方政府加大公共设施及公共福利的投入，从而稳定地方社会治安，也可以进一步改善投资环境，从而形成一个良性循环。
两税合并后，地方政府以牺牲性优惠税收政策，来吸引外资投资的方式将有所改变。在两税合并后，现有的靠税收优惠政策来吸引外资的方式将被禁止，那么地方政府为了吸引外部投资，必定在其他方面下功夫，如改善地方基本交通设施、提高整体投资环境等方面下手，来提高外资投资的吸引力。甚至以此为契机，转变思路，以吸引外资为重点转变成为扶持本地中小企业为重点的发展策略。现在许多发展强势的地区，大都是以地方本地中小企业为支柱发展起来的，如浙江义乌就是这方面很好的例子。
总之，两税合并从长远来看，对我国经济及国力影响是利大于弊，因此，两税合并方案，应及早制定下来。
