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改用以药物经济学为基础的定价方法，药厂自然会努力提高药物的性价比，将开发疗效好、副作用小的药物作为目标，从而为患者让度更多的价值。
目前，我国药品定价的基础还是生产成本，这实际上是很不合理的。因为成本本应属于企业内部的事情，老百姓需要的只是物有所值，不管成本是多少，只要东西好，贵一点也无妨，如果东西不好，你花了再多的钱来生产也与消费者无关。药品也应该像其他商品一样，以价值作为定价基础。国际上许多国家都是这样做的，这也是药物经济学的研究内容之一。以澳大利亚为例，当地的医疗保险机构通过对不同治疗方案的效果、不良反应、治疗这些不良反应的成本等进行比较，给药品制定了一个报销价格，高于这个价格的部分消费者自己掏腰包。这是药物经济学在制定药价方面的一个很好的应用范例。
此外，面对数千家药厂、几十万个品规，以成本作为定价基础，物价部门难以准确地掌握每个品规的真实成本，弄虚作假的行为自然就有机可乘，进而严重破坏社会诚信，致使政府在规范临床用药、降低医疗成本上花费大量的精力。那些临床疗效好、成本低、价格低廉的药物，医疗机构不愿意使用，企业不愿意生产，取而代之的则是疗效类似但价格贵几倍的所谓“新药”；每次限价后，市场上就很难找到一些被限价的药品。
更为严重的是，这样的定价基础对需要大量投入的真正的新药研究是一种伤害。尽管国家对新药在价格上采取了一定的倾斜政策，但以生产成本作为定价基础的思路很难保证投资新药开发可以得到应有的回报。因为真正的新药开发风险极大，很多研究在中途就会被证明是失败的。印度政府准备将药物的最高利润率限制在900%内，被外界视为是对印度制药业的一个严重打击，间接的证明了以成本为基础的限价行为是多么的不合理。
另一方面，以社会平均成本作为定价基础，药厂就会将竞争主要集中在成本上，尽量使用常规辅料，没有兴趣使用新的辅料，致使我国药用辅料工业技术极为落后，形成“劣币驱逐良币”的现象。
而改用以药物经济学为基础的定价方法，药厂自然会努力提高药物的性价比，将开发疗效好、副作用小的药物作为目标，从而为患者让度更多的价值。
此前，国家发改委药价评审中心主任卢凤霞曾在一个论坛上透露：“目前正在探索将药品临床价值列入定价因素。”这是一个好信息，表明我国终于认识到药品本身的治疗价值才是药品的真正价值，才是我们应该通过价格来予以肯定的东西，而不是研发和生产成本。
