爱华网企事业单位改制工作涉及到方方面面的利害关系，因此，不可避免地存在诸多的矛盾和问题。综合起来，主要表现在以下几个方面：
1、 资产处置不规范问题
资产处置问题关系到国有资本在退出过程中的保全和保值，因此，在企事业单位改制过程中资产处置是一个十分重要的环节。根据中央有关企事业单位改制的一般程序要求，改制主要分为方案制订、清产核资、审计评估以及产权转让等程序。按此程序，最终实现改制企事业单位国有资产的处置以及国有资本从一般性竞争领域的退出。近年来，我区严格按照中央有关改制政策的要求，由国有资产监督管理部门委托社会中介机构对改制企业资产进行审计、评估，并进行公开转让。但是，由于种种主客观因素的存在，特别是少数企业宣传不到位，公开透明度不够，企业职工对改制程序、内容了解较少，对企业资产审计、评估结果以及资产转让价格存有争议，对改制企业的资产处置意见较大。从而造成职工集体上访。
2、 改制企事业单位职工的劳动关系处理问题
企事业单位的改制工作涉及到原有企事业单位职工的分流安置工作，关系到改制单位职工的切身利益，因此，在这方面的矛盾和争议较大。在企事业单位改制过程中，职工身份的转换、经济补偿费用标准、事业转企业之后的养老金分段计算以及下岗、工伤、离退休人员的安置补偿费用等问题，成为改制企业职工关注和关心的焦点问题。因此，成为职工群众上访过程中反映较多的问题。比如：原工业局申昕金属制品厂周伟等7名职工反映改制时，职工补偿金较低，又无安置费，要求按新政策发放经济补偿和安置费用5000元。
3、改制政策的公平性问题
按照“因企制宜 、成熟一家，改制一家“的改制原则，各改制单位在具体的改制过程中均按照本单位的实际情况，制订改制方案，实施改制。因此，并没有严格的可比性和统一性问题。但是，部分改制单位职工对此并不认可。认为改制单位与政府在改制政策的把握上有失公正、公平，不同企业有不同政策，不同时间有不同政策，缺乏政策上的统一性，公开透明不够。比如：供销社义仁泰食品厂30多名职工到区政府上访，主要反映：2001年企业转制时，该厂的经济补偿政策标准比供销社其他单位低，只有800元，有失公平、公正。要求在义仁泰食品厂拆迁时，另外给予职工安置费。
4、 改制企业的合规性问题
部分改制单位法制观念淡薄，法律意识不强，无视《宪法》、《劳动法》、《工会法》的要求，存在严重侵犯职工权利的行为。在工资报酬的支付上，未按照劳动保障部门规定的最低工资标准执行相应的劳动用工制度；在职工民主权利履行上，将本应由职代会审议或决定的事项由经营者个人说了算，以个人意志代替法律。从而导致企业职工集体上访。比如：练塘棉纺厂300名职工去市政府上访，反映企业不按《劳动法》给予职工工资报酬，以及当初棉纺厂存在改制不规范及不让职工入股等问题。
5、受让方的政策性差异问题
在改制企业受让方的选择上，中央政策经历了从鼓励改制企业全体职工持股，到经营者、经营层持股，再到向社会公开拍卖的演变过程。这一政策变迁的过程既是一个逐步探索和逐步规范的过程；也是一个矛盾和问题逐步变更的过程。在鼓励全体职工持股阶段，推行职工持股会制度，但是，由于制度本身的“大锅饭”效应，企业经营缺乏效率，整体亏损较多，部分职工要求退股。同时，由于部分企业在职工持股方面存在权力入股、强迫入股以及持股上岗等不规范行为，从而引发群体性事件；在鼓励经营者、经营层持股阶段，尽管经营者、经营层对企业更为了解，也更容易接手，减少改制带来的动荡，但是由于存在“内部人”问题，在部分企业改制过程中存在低估、虚估改制净资产，低价转让改制企业的不规范行为，引起职工不满。同时，加之部分企事业单位领导作风不正，存在腐败行为，从而诱发群体上访；在面向社会公开拍卖阶段，由于通过市场化受让改制企业产权，透明度和规范程度较高，但是受让人的收购成本相对升高。因此，改制后企业在不存在收购升值的情况下，新的企业的管理者必然会更多地考虑到通过减员增效、压低工资等手段，来降低运营成本，提高企业效益。因此，这一方面对改制后的企业职工冲击较大，造成了很大程度的不适应；另一方面，对改制企业职工身份转换带来了较大压力。这两个方面的因素成为当前企业职工上访的重要内容。这里既涉及市场化运作所带来的职工就业观念转变问题；同时，也涉及到职工安置与补偿问题，当然这里还包括一个政策的导向性问题。
