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跨国公司对此难辞其咎；但最大的挑战却是来自政府自身，来自于地方政府的保护主义、干涉行为所造成的腐败机会
在英文语义中，“腐败”的原始含义是“分裂成许多碎片”。对于改革之中的市场经济而言，腐败的碎片已经成为最大的社会污染，并酝酿成为一股可以撕碎经济的力量。在美国学者丹尼尔·考夫曼看来，改革之路并没有错，腐败也并非改革本身所造成的，根源是没有很好地在法治中推进改革。
中国正希望通过改革建立起平等的市场竞争环境，但是整个社会系统本身尚未形成理想中的规则。中国人民大学行政管理学院教授毛寿龙认为，改革过程中，某些规定难免处于混沌状态。决策行为缺乏监督，加上政府对社会资源的占有也给腐败留下空间。在国内公司违规操作蔚然成风的情境中，在高额商业利益驱动下，跨国公司通过非正当手段与政府达成双赢在某些领域已经成为一种“潜规则”。
按照毛寿龙的观点，跨国公司的腐败主要来自机构性因素的推动。当市场处于渐进开放状态，政府既有分配稀缺资源的任务，又肩负推动经济发展的重担，跨国公司们为了规避市场风险，降低市场进入成本，常常积极寻求与行政力量的相互支持。
“腐败是次优选择”论的观点，或许暂时为跨国公司的腐败行为找到借口：公司可以凭借这种贿赂而更便利地进入市场，有可能获得高利润，从而间接地促进当地市场的发展。其次，跨国公司拥有成熟的管理体系可资借鉴，还可以通过招聘业务执行人员而可以解决当地就业问题。但是，按照经济伦理学专家理查德·T·乔治的观点，向政府官员行贿的最直接影响就是对整个企业的正常运营体系以及公平竞争的市场造成破坏。而即使跨国公司在中国当地靠贿赂产生利润，但这足以形成对其他公司经营环境的干涉。第三，对于官员的行贿会造成新的违法机会，从而破坏整个社会经济的规则。贿赂所支付的成本必然转嫁到民众的身上，这同样会增加民众对政府的不信任感。
1970年代美国国会通过的《外国腐败行为法案》中规定，本国公司在海外市场贿赂，企业高层就应该严惩。在制定该法案时，美国国会曾经过激烈的争论，既然美国公司在海外可以获得更高的利润，为国家创造财富，美国政府为什么不能像欧洲、南美那样建立更为灵活的法制。最终结果证明，国会做出的规定与乔治的观点相同。因为美国经济要在发挥资源配置作用的国际市场中生存，必须依赖一种长期的、平等竞争的力量，才能使整体国民经济取得更高的福利。
现在，中国的市场制度、竞争规则也正在逐步建立，改革的彼岸目标是一个符合国际惯例、公平竞争的、对各类经济主体实行国民待遇的市场经济体制。但依照毛寿龙教授的观点，转轨经济中出现跨国公司的腐败行为，其中最大挑战恰恰来自政府自身，来自于地方政府的保护主义、干涉行为所造成的腐败机会。
越来越多的现象表明：在国内市场机制尚不完善，政府权力决策机关仍然拥有用行政手段安排资源配置在市场中的配置，手中仍然捏着发放许可证的签字笔时，一些喜欢“直接非生产性获利”的跨国公司还会潜行在一些灰色地带之间。
