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如今，一把手负责制是很多单位进行决策的核心制度之一，在面对关系到单位未来发展、对外公共宣传、向上级汇报工作等情况时，一把手更是成为了出头露面的不二人选。虽然，这样的制度安排有利于加强领导对全局工作的了解，并且将职责细化到个人，形成了“从上到下”的监督机制，但是这样也同样存在着以下的弊端。
一、权力集中，不利于形成权力的下分与监督。一个合理有效的权力结构是保障一个组织顺利运行发展的关键条件，但是在一把手负责制中，权力过度向一把手集中，导致了权力结构的失衡。如果一把手出现了工作失误，很难在单位内部及时形成协调解决方案，造成不必要的损失。
二、一把手时间管理效率降低。领导进行有效管理的重要方法是要进行有效的时间管理，但是一把手负责制却把过重的工作负担强加给主要领导，不放权的领导方式将导致时间管理上出现严重的低效率。既损害了领导，也损害了整个单位的成果。
三、与领导的工作效率低下相伴随的是对其他工作人员人力资源浪费，因为其他人员没有更多的权力进行更多的有效决策而造成了“不作为”的情况，从而造成了工作拖沓，效率低下，甚至是不敢说话特别是不敢说实话的局面。
一把手负责制在很多单位特别是国有企业、政府部门和事业单位中已经造成了人力资源方面的浪费，并影响了改革各方面的效率。那么，现在就是着手准备进行决策管理改革的时候了，将决策管理改革和经济、政治、社会改革结合起来，将极大的提升改革体系的整体水平，并使得人们的工作质量得到大幅度的提高。
