爱华网全国公安机关自2014年9月15日起开始受理新版通行证的申请，同时停止受理现行本式往来港澳通行证的申请。而此前广东省公安机关自2014年5月20日起试点签发的新版通行证继续有效。
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电子往来港澳通行证为参照有关国际标准设计制作的卡式证件，内部嵌有非接触式集成电路芯片，存储持证人个人资料及证件、签注签发管理信息，采用成熟的数字安全防伪机制进行保护，印制过程中还使用了多项物理防伪技术，防伪能力明显增强。
新版通行证正面打印持证人个人资料以及证件签发管理信息，背面打印往来港澳签注等信息。签注信息可由证件签发机关重复擦写。新版通行证不再附发贴纸式签注。内地和港澳地区口岸查验部门查验时也不再加盖验讫章，签注使用情况由计算机信息系统记录管理，有需要的持证人可向内地及港澳地区主管部门查询签注剩余次数等信息。
需采集指纹
根据《中华人民共和国出境入境管理法》的规定，经国务院批准，公安机关出入境管理部门对首次申请电子往来港澳通行证的16周岁以上(含)的申请人将采集或核验指纹，对16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定。留存指纹后，符合条件的持证人在通关时可以使用内地和港澳地区口岸的自助查验通道。
为确保持证人指纹信息安全，内地和港澳地区主管部门均建立了严密的管理制度，并采用多种技术保护措施，芯片中存储的持证人指纹模板信息无法被还原为原始指纹图像。
收费标准不变
此外，成人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。电子往来港澳通行证及签注的收费标准不变。电子往来港澳通行证启用后，仍在有效期内的现行往来港澳通行证(本式)及往来港澳签注(贴纸式)可以继续使用。持用本式往来港澳通行证的，可以继续申请贴纸式往来港澳签注，也可以申请换发电子往来港澳通行证。
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